Superman’in artı ileri gittiğini düşünen Batman onu insanlık için bir tehdit olarak görmektedir ve onu durdurmaya karar verir. Filmin bu senaryosunu daha önce Operasyon: Argo, Star Wars: Skywalker’ın yükselişi ve Justice League: Yargı Birliği filmlerinin senaryosunu yazar, En iyi senaryo dalında 2013 Oscar Akademi Ödülü sahibi Chris Terrio ve Batman film serisinin ve Gizemli Şehir Halkı filminin senaryolarını kaleme alan David S. Goyer birlikte yazmışlardır. Batman v Superman: Adaletin Şafağı’nın yönetmen koltuğunda ise 300 Spartalı, Watchmen ve Çelik Adam filmlerinin yönetmenliğini yapan yapımcı ve yönetmen Zack Snyder oturmaktadır.
Metropolis’de yaşanan yıkımdan 18 ay sonra Superman’in (Henry Cavill) kahramanlığı tartışmalı bir hal almıştır. Takriben 20 yıldır Gotham City’i kötülüklerden koruyan Bruce Wayne (Ben Affleck) ise Superman’in, General Zod ile savaşırken yol açtığı can kayıpları için onu suçlamaktadır. Wayne Girişimlicik’in esas binası savaş sırasında yıkıldığı için can kayıplarının bir birçok Bruce Wayne’in ailesinin şirket çalışanlarıdır. Superman ise normal yaşam kimliği Daily Planet gazetesinde çalışan Clark Şehir Halkı olarak Batman’in güvenli olmayan olduğunu savunmaktadır.
Tüm bunlar olurken Lex Corp’un sahibi Lex Luthor (Jesse Eisenberg) da Superman’i bir korkutma olarak görmektedir ve Senatör June Finch’i, Zod’un, Hint Okyanusu’ndaki terk edilmiş üssünden kriptonit almaya ikna etmiştir. Wayne, Lex Corp’un ana bilgisayarından data araklamak için Luthor göre yapılan bir bağış toplama etkinliğine sızar lakin flash diski gizemli bir şekilde Diana Prince tarafından çalınır. Diana Prince yani Wonder Woman (Gal Gadot) Luthor’da kendisininki de dahil bir fazla meta-insanın dosyası olduğunu öğrenir. Kendilerini gizlediklerini sanan süper çabuk insan Flash, sibernetik bir bedene sahip Cyborg ve su altında yaşamış insan Aquaman, Luthor kadar bilinmektedir.
Luthor tekerlekli sandalyedeki bir insanın sandalyesine gizlediği bomba doğru, Superman’in de bulunduğu kongre duruşmasında bir patlama yaratır. Halk patlamanın Superman kadar yapıldığını düşünür çünkü enkazdan çıkarken görüntülenir. Bu millet için bardağı taşıran son damla olur. Batman, Luthor’dan kriptoniti almıştır ve kendisine daha zinde bir iskelet tasarlarken cephanelerini de kriptonit ile değiştirmektedir.