1980’lerde X-Men, dünyaya afet getirerek gelişmeyi amaçlayan kadim ve kuvvetli mutant En Sabahtan Nur’u yenmek zorundadır.
X-Men film serisinin altıncı filmi olan X-Men: Apocalypse’in yönetmenliğini Bryan Singer yapmaktadır. Singer daha önce Dev Avcısı Jack (2013) ve Opesrasyon Valkyrie (2008) filmlerinin yönetmenliğini yapması ve Uzay Yolu Nemesis filminde rol alması ile tanınmaktadır. Filmin senaryosu ise Olağanüstü Dörtlü 2 (2015), Jumper (2008) filmlerinden tanıyacağınız Simon Kinberg, Bryan Singer, Michael Dougherty ve Dan Heris birlikte kaleme almışlardır. Simon Kinberg 2016 yılında Marslı (2015) filmi ile yılın en iyi filmi dalında Oscar Akademi Ödülüne aday olmuştur.
Antik Mısır’dan bir kare ile başlayan filmde; kuvvetli bir varlık olan En Sabah Nur’un adlı mutant aleyhinde Darı halkı boyun eğmiştir ve ondan bağışlanma dilemektedir. Dört Atlısı – Sefalet (Warren Scherer), Kıtlık (Rochelle Okoye), Vefat (Monique Ganderton) ve Savaş (Fraser Aitcheson) tarafından piramidine getirilmiştir. En Sabah Nur’un bilincini daha genç bir ölümlünün (Oscar Isaac) bedenine alıntı yapmak için bir işlem başlatırlar. Güneş piramidin tepesine çarptığında süreç başlar. Dışarıda, Darı vatandaşları liderlerine sırtını dönmüştür ve En Sabahleyin Nur ve Atlılarını öldürmek için piramidin içine dürüst kayan büyük sütunlar atmaktadırlar. Sütunlar piramidi yok etmeye başlarken Atlılar öteki Mısırlılara karşı savaşır. Ölüm, o ve diğer herkes ezilmeden önce halef üzerinde koruyucu bir kalkan oluşturmayı başarır. Işlem tamamlanır lakin En Sabahleyin Nur enkazın aşağı sıkışıp kalır.
Sonrasında ise 1983 yılında Ohio’ya geçen filmde bir lise sınıfında, Erik Lensherr / Magneto’nun, (Michael Fassbender) Paris’teki uzlaştırma zirvesine saldırdığı ve Raven Darkholme / Mystique (Jennifer Lawrence) göre bu saldırının durdurulduğu 10 yıl önceki olayları tartışmaktadır. Bir öğrenci, Scott Summers (Tye Sheridan), gözlerinin ağrımasından şikayet eder. Öğretmen, Scott’a müdürün ofisine gitmesini söyler fakat o tuvalete çekilir ve bir bölmede saklanır. Derslik arkadaşı içeri girer ve onu dövmekle tehdit eder. Scott sonra gözlerini açar ve gözlerinden çıkan ışınla öteki çocuğu duvara vurur ve duvarlara ve tavana kayda değer hasar veren zinde bir patlama yapar. Bu Nedenle onun da bir mutant olduğu öğrenilir.
Varoluşun başlangıcından bu yanlamasına, çoğu kişi kadar dünyanın birincil mutantı olduğuna inanılan En Sabahtan Nur adındaki varlık binlerce yıl derin bir uykudan daha sonra 1983’te uyanır ve dört askerinin yardımıyla dünyayı yönetmeyi ve insanlığı değil etmeyi planlamaktadır. Dünyanın kaderi belirsizlik içindeyken Profesör Xavier, Raven, Hank ve eski müttefiki Moira McTaggert ile birlikte, karşılaştıkları en ölümcül düşmanla savaşmak için yeni nesil X-Men’e liderlik etmelidir.